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Text File  |  1995-03-04  |  1.5 KB  |  32 lines
  1. ***********************************************
  2. * Prokaryotic DNA topoisomerase I active site *
  3. ***********************************************
  4.  
  5. DNA topoisomerase I (EC 5.99.1.2) [1,2] is one of the two types of enzyme that
  6. catalyze the interconversion of topological DNA isomers. Type I topoisomerases
  7. act by  catalyzing  the  transient  breakage of DNA, one strand at a time, and
  8. the subsequent  rejoining  of  the  strands. When a topoisomerase breaks a DNA
  9. backbone bond,  it  simultaneously forms a protein-DNA link where the hydroxyl
  10. group of a tyrosine residue is joined to a 3'-phosphate  on DNA, at one end of
  11. the enzyme-severed DNA strand.
  12.  
  13. Prokaryotic organisms, such as Escherichia coli, have two type I topoisomerase
  14. isozymes: topoisomerase  I  (gene  topA)  and  topoisomerase  III (gene topB).
  15. Eukaryotic organisms   also  have  two  isozymes.  The  first,  TOP1,  is  not
  16. structurally related to the prokaryotic type I isozymes, but the second, TOP3,
  17. is.
  18.  
  19. There are a  number of conserved residues in the region around the active site
  20. tyrosine; we used this region as a signature pattern.
  21.  
  22. -Consensus pattern: [RKS]-L-Y-x(4,5)-[LI]-[ST]-Y-x-R-[ST]-[DEQ]
  23.                     [The second Y is the active site tyrosine]
  24. -Sequences known to belong to this class detected by the pattern: ALL.
  25. -Other sequence(s) detected in SWISS-PROT: NONE.
  26. -Last update: June 1994 / Pattern and text revised.
  27.  
  28. [ 1] Sternglanz R.
  29.      Curr. Opin. Cell Biol. 1:533-535(1990).
  30. [ 2] Bjornsti M.-A.
  31.      Curr. Opin. Struct. Biol. 1:99-103(1991).
  32.